第一章　基因表达系统模型在肿瘤精准治疗中的临床应用.................................................. 001

第一节概述 .................................................................................................................................. 002

第二节基因组分析的临床取样............................................................................................... 005

第三节临床基因组诊断 ............................................................................................................ 008

第四节系统建模和基因表达特征 .......................................................................................... 010

第五节个体化治疗 ..................................................................................................................... 014

第六节小结与展望 ..................................................................................................................... 019

第二章　个体化精准医学的单核苷酸多态性检测..................................................................... 027

第一节概述 .................................................................................................................................. 028

第二节用于SNP和基因组分析的临床取样 ......................................................................... 030

第三节临床GWAS检测与分析 ............................................................................................... 032

第四节SNP相关的系统建模 .................................................................................................... 035

第五节个体化靶向治疗的SNP特征 ...................................................................................... 037

第六节小结与展望 ..................................................................................................................... 039

第三章　肿瘤性疾病表观基因组学的临床分析 ......................................................................... 045

第一节概述 .................................................................................................................................. 046

第二节用于表观遗传学分析的临床取样 ............................................................................. 050

第三节临床表观遗传学检测和表观基因组学分析 ........................................................... 053

第四节表观数据的临床应用 ................................................................................................... 057

第五节小结与展望 ..................................................................................................................... 065

第四章　致癌微小核糖核酸在肿瘤疾病的临床分析................................................................ 071

第一节概述 .................................................................................................................................. 072

第二节临床取样.......................................................................................................................... 075

第三节临床 miRNA检测及其分析 ......................................................................................... 078

第四节临床应用.......................................................................................................................... 082

第五节小结与展望 ..................................................................................................................... 087

第五章　肿瘤发生和肿瘤疾病的长链非编码RNA临床分析................................................ 093

第一节概述 .................................................................................................................................. 094 

第二节用于基因组分析的临床取样...................................................................................... 096

第三节临床基因组诊断 ............................................................................................................ 099

第四节临床应用挑战................................................................................................................. 103

第六章　蛋白质组学和分泌组学在肿瘤疾病中的临床应用.................................................. 107

第一节概述 .................................................................................................................................. 108

第二节蛋白质组学的临床取样和技术.................................................................................. 109

第三节蛋白质组学的临床应用................................................................................................110

第四节展望 ...................................................................................................................................114

第七章　新一代基因组学数据库在肿瘤疾病中的临床应用...................................................117

第一节概述 ...................................................................................................................................118

第二节新一代基因组数据库 ................................................................................................... 121

第三节新一代基因组学数据库的临床应用......................................................................... 128

第四节小结 .................................................................................................................................. 135

第八章　原代肿瘤细胞个体化多维培养系统的临床应用....................................................... 139

第一节概述 .................................................................................................................................. 140

第二节个体化多维培养系统 ................................................................................................... 141

第三节用于个体化治疗的个体化多维系统的临床应用 .................................................. 145

第四节小结 .................................................................................................................................. 147

第九章　基于基因编辑技术的新一代肿瘤基因治疗................................................................ 149

第一节.概述 .................................................................................................................................. 150

第二节.基因治疗的新技术........................................................................................................ 152

第三节.临床应用.......................................................................................................................... 154

第四节.展望 .................................................................................................................................. 161

第十章　宏基因组学和肿瘤疾病 ..................................................................................................... 165

第一节.概述 .................................................................................................................................. 166

第二节.宏基因组学技术 ............................................................................................................ 168

第三节.宏基因组学应用 ............................................................................................................ 170

第四节.小结与展望 ..................................................................................................................... 173

第十一章　代谢组学和肿瘤疾病 ..................................................................................................... 177

第一节.概述 .................................................................................................................................. 178

第二节.技术与应用 ..................................................................................................................... 179

第三节.临床应用.......................................................................................................................... 182

第四节.小结与展望 ..................................................................................................................... 190 

第十二章　新型 sRNA在肿瘤疾病中的临床研究和应用 ....................................................... 195

第一节.概述 .................................................................................................................................. 196

第二节.piRNA............................................................................................................................... 197

第三节.小核仁RNA ..................................................................................................................... 206

第四节.tRNA衍生的小 RNA ...................................................................................................... 214

第五节.小结 .................................................................................................................................. 220

第十三章　生物样本库在临床个体化治疗和精准医学中的建立与应用........................... 229

第一节.概述 .................................................................................................................................. 230

第二节.精准医学的生物样本库............................................................................................... 232

第三节.生物样本库的标准操作流程...................................................................................... 237

第四节.生物样本库的分析........................................................................................................ 240

第五节.生物样本库伦理问题和法律解决 ............................................................................. 243

第六节.生物样本库数据库管理和在线服务......................................................................... 245

第七节.生物样本库教育培训 ................................................................................................... 247

附录 1　转移性心脏肉瘤个体化化疗病例报告........................................................................... 251

第一节.概述 .................................................................................................................................. 252

第二节.临床样本和方法 ............................................................................................................ 253

第三节.结果 .................................................................................................................................. 255

第四节.病例讨论.......................................................................................................................... 261

附录 2　转移性小细胞肺癌个体化治疗病例报告 ...................................................................... 265

第一节.概述 .................................................................................................................................. 266

第二节.临床样本和方法 ............................................................................................................ 267

第三节.结果 .................................................................................................................................. 270

第四节.病例讨论.......................................................................................................................... 276

附录 3　转移性乳腺癌个体化治疗病例报告................................................................................ 279

第一节.概述 .................................................................................................................................. 280

第二节.方法 .................................................................................................................................. 281

第三节.结果 .................................................................................................................................. 284

第四节.病例讨论.......................................................................................................................... 290

第五节.小结 .................................................................................................................................. 292

感谢人名录（感谢人单位与名称以论文发表的时间为准）.................................................... 296

索引 ............................................................................................................................................................. 301